Số lượng của chúng đã bị giảm do đánh bắt quá mức và phá hủy môi trường sống do khai thác mỏ, chăn thả gia súc và khai thác gỗ, và mật độ dân số đã giảm do cạnh tranh với cá ngừ nâu và động vật không có nguồn gốc tự do kể từ khi chúng được đưa vào cuối thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20. Tuy nhiên những mối đe dọa nghiêm trọng nhất hiện nay đối với phân loài là sự lai tạo với cá hồi cầu vồng được du nhập trong Hệ sinh thái Đại Đá vàng (Yellowstone), sự có mặt của hồ cá hồi ở Yellowstone và hồ Heart trong Vườn quốc gia Yellowstone, những con mồi trên cá hồi dài đến mười lăm inch.

Mặc dù hồ cá hồi được thiết lập ở các hồ Shoshone và hồ Lewis trong dòng chảy sông Snake từ hoạt động thả giống của Chính phủ Hoa Kỳ vào năm 1890 nhưng chúng vẫn chưa được chính thức đưa vào hệ thống thoát nước của sông Yellowstone và sự hiện diện của chúng có thể là kết quả của việc du nhập trái phép hoặc bất hợp pháp. Mưa hạn hán ở vùng Yellowstone làm cho một số sông suối chạy khô vào cuối mùa hè, ngăn không cho cá chép ăn trộm từ hồ Yellowstone và làm cho chúng dễ dàng săn mồi cho các loài ăn thịt như mòng biển, bồ nông và những loài khác. Những mối đe dọa này đã làm giảm đáng kể số lượng cá tàn tật ở hồ Yellowstone và các vùng lân cận của sông Yellowstone.

Hiện nay, quần thể khốc liệt nhất của được tìm thấy ở các đại hẻm núi lớn của sông Yellowstone và trong nhánh chính của Yellowstone ở Công viên Yellowstone, sông Lamar và các chi lưu của nó. Những cố gắng gần đây là năm 2004 bởi các nhà hoạt động môi trường đưa các phân loài trong Danh mục Các Loài Nguy cấp đang được cơ quan này chấp thuận, trích dẫn bằng chứng cho thấy những nỗ lực chính đang được tiến hành để đảm bảo sự tồn tại của phân loài này. Tất cả cá hồi Yellowstone bị bắt được trong Vườn Quốc gia Yellowstone phải được thả ngay. Các quần thể ngoài Vườn quốc gia có nhiều quy định tùy thuộc vào vị trí của suối hoặc đường thủy.